El sistema de gobierno es la forma cómo la Universidad se organiza para la toma de decisiones, a nivel central y en las distintas unidades de la institución. Para la Comisión Nacional de Acreditación, la Universidad debe desarrollar distintos mecanismos que establecen el funcionamiento del Sistema de Gobierno. Además, enfatiza que el sistema de gobierno debe ser funcional a la misión y debe ser coherente tanto con la naturaleza de la institución como con el proyecto institucional, en nuestro caso encarnado en el Plan Estratégico de Desarrollo Institucional.La misión que se ha propuesto la Universidad, es ser una institución de educación superior, estatal y autónoma, que contribuye al desarrollo nacional, con especial énfasis en la Patagonia – Aysén, a través de la formación integral de profesionales, la investigación, la creación e innovación, y la vinculación con el medio.Coherente con esta Misión, la Universidad desarrolló los estatutos que hoy la rigen, durante el año 2016, los que fueron revisados por la Universidad de Chile y por el Ministerio de Educación antes que se fijarán como Decreto con Fuerza de Ley N° 7 y fueran publicados el 4 de febrero del 2017.En los estatutos se establece que los órganos superiores de la Universidad, son las instancias encargadas de dirigir y gestionar, impulsando el desarrollo académico institucional y de sus miembros. Son responsables de normar y proyectar la Universidad, estableciendo las políticas generales, encargándose de los procesos de evaluación y de resguardo de la calidad, procurando el cumplimiento de su misión y de su desarrollo coherente, transversal y de excelencia.Los cinco órganos que componen el gobierno de la Universidad de Aysén son:1) El Rector(a), máxima autoridad unipersonal ejecutiva y representante legal de la Universidad.2) El Consejo Superior, máxima autoridad colegiada resolutiva, cuya función principal es velar por los intereses y por el cumplimiento de los fines de la Universidad, preservar su patrimonio y vincular su quehacer con las políticas nacionales y regionales, así como promover que la Universidad contribuya al desarrollo del país. Está compuesto por nueve (9) miembros. Lo preside el Rector(a), también se compone por cuatro (4) representantes del Presidente de la Republica, dos (2) representantes del Senado Universitario y dos (2) académicos, electos de conformidad a la forma en que se elige el Rector(a). Los integrantes del Consejo Superior servirán sus cargos ad-honorem, y aquellos designados en representación del Presidente o Presidenta de la República recibirán una dieta de cargo fiscal.3) El Senado Universitario, es el órgano colegiado de carácter normativo, cuya principal función será la regulación de las materias relativas al desarrollo de las funciones propias de la universidad, en particular, aquellas académicas, así como también elaborar y proponer al Rector o Rectora el plan de desarrollo institucional. Es de carácter triestamental, con el fin de construir las normas que regulan a la Universidad a partir del acuerdo y co-responsabilidad de los tres estamentos (estudiantes, académicos y funcionarios). En cuanto órgano representativo de la comunidad universitaria, está integrado, además del Rector(a) que lo preside, por 10 académicos, 2 representantes de los estudiantes y 2 representantes del personal de colaboración; todos los cuales participarán con derecho a voz y voto. Todos los integrantes del Senado Universitario servirán sus cargos ad honorem.4) La Contraloría Interna es el organismo encargado de ejercer el control de la legalidad de los actos de las autoridades de la corporación, de fiscalizar el ingreso y uso de fondos, de examinar las cuentas de las personas que tengan a su cargo bienes de la misma, velar por el correcto desempeño de los funcionarios de la Universidad y, en general, desempeñar las demás funciones de control interno, financiero y presupuestario de la Universidad que le encomiende el Consejo Superior. 5) El Consejo de Evaluación de Calidad, es el organismo colegiado que deberá promover el mejoramiento de la calidad y la pertinencia, tanto en sus procesos como en sus resultados, en el desarrollo de sus funciones con la finalidad de constituirse en un referente de calidad en la Región. Para lo anterior, ejercerá la superintendencia de la función evaluadora, que consiste en examinar, ponderar e informar sobre la calidad y cumplimiento de las tareas universitarias. La función evaluadora se aplica tanto a las estructuras como a los académicos que las integran, mediante normas, procesos y criterios debidamente reglamentados, y resguardando la especificidad, características y diversidad de las actividades. El Consejo de Evaluación de Calidad estará integrado por académicos de la más alta jerarquía de la Universidad y le competerá impulsar y coordinar los procesos de evaluación, calificación y acreditación a nivel institucional e individual.La Universidad de Aysén se encuentra en un proceso de instalación progresiva de sus capacidades y del sistema de gobierno definido en el Estatuto, por lo que se espera que, en un horizonte de mediano plazo, constituya todos los órganos definidos, hasta llegar a un estado en régimen. Ello ha quedado expresamente establecido en el objetivo estratégico N° 19 del PEDI, que busca garantizar el funcionamiento de los órganos superiores de Gobierno Universitario, generando la normativa para su elección y funcionamiento, así como también generando las condiciones de instalación y operación de los mismos.En la actualidad están en funcionamiento tres de los cinco órganos de gobierno. El primero en constituirse fue el de Rectora, con el nombramiento de Roxana Pey en septiembre del 2015 y posteriormente con la actual autoridad universitaria, María Teresa Marshall en agosto del 2016.En el año 2017 se conforma el Consejo Superior, que está integrado por la Rectora Marshall, Sol Serrano, Baldemar Carrasco y Paulina Arriagada como representantes del Presidente Sebastián Piñera. Iñigo Díaz y Francisco Hervé como representantes de la Universidad Tutora (UChile), entidad que integrará el Consejo en ausencia del Senado Universitario, y los académicos designados Fabian Jaña y Cristian Mattar. En agosto del año 2018 se instala la Contraloría Interna con la figura del Contralor Víctor Oyarzún.En este sentido resulta significativo la reciente aprobación de dos mecanismos que aseguran la calidad, en lo referido a gobierno universitario, por una parte, el Reglamento de elección de Rector(a) y por otra, el Reglamento de Contraloría Universitaria. Se espera que para el Proceso de Acreditación Institucional que se desarrollará en agosto del 2022, se encuentre completamente constituido el sistema de gobierno fijado en los Estatutos Universitarios.
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