El Consejo Superior es la máxima autoridad colegiada resolutiva de la Universidad de Aysén. Su función principal es velar por los intereses y cumplimiento de los fines de la institución, preservar su patrimonio y vincular su quehacer con las políticas nacionales y regionales, así como promover que la UAysén contribuya al desarrollo del país. Está integrado por nueve miembros, con derecho a voz a voto, que se designan de la siguiente manera:

• Cuatro representantes del Presidente de la República, quienes son profesionales de reconocida experiencia en actividades académicas o directivas.
• Dos representantes de los académicos, electos de conformidad a la forma en que se elige el Rector o Rectora.
• Dos representantes del Senado Universitario.
• La Rectora, quien preside el Consejo Superior.