Se encarga de inspeccionar cualquier unidad u organismo a fin de controlar el cumplimiento de las normas vigentes sobre régimen de trabajo del personal, administración y manejo de bienes y fondos, pudiendo realizar arqueos, revisar documentación y solicitar declaraciones y antecedentes a los funcionarios que tengan a su cargo esas responsabilidades.
Proponer al Contralor medidas que permitan mejorar los sistemas de administración de bienes y manejo de los fondos universitarios y su debido control.
Realizar auditorías en cualquier unidad de la Universidad, cada vez que así lo ordene el Rector(a) o Contralor(a) así como también los establecidos en el Plan de Auditoría Anual.
Mantener un registro de las cuentas corrientes bancarias de la Universidad, analizar periódicamente el movimiento de dichas cuentas y aplicar a ellas y al manejo de los demás valores de que se poseedora la Universidad, un sistema uniforme de control. Ello la autoriza a realizar solicitud de antecedentes directamente en las Bancos con los que la Universidad sostiene cuentas.
Controlar la fiel aplicación del sistema de contabilidad establecido en la Universidad y sugerir cambios a ellos, como a sus reglamentos correspondientes, cuando tales cambios conduzcan a un mejor resguardo y manejo del patrimonio universitario.
Ser contraparte en las auditorías externas que se realicen, así como rendir cuentas a los organismos públicos que lo solicitasen.
Evaluar el funcionamiento de los controles internos de la Universidad y advertir u aconsejar acciones para su mejoramiento.
Esta Unidad se encarga de registrar adecuadamente todo acto administrativo (Decretos y resoluciones) sometidos al trámite de control previo de legalidad.
Someter a revisión previa de legalidad, todo acto institucional que implique recursos financieros y materiales.
Proponer al Contralor las medidas que permitan mejorar los sistemas de control de legalidad.
Velar porque los actos que se someten a la consideración de Contraloría Universitaria cumplan con las exigencias legales y reglamentarias vigentes.
Aprobar la incineración o destrucción de especies valoradas u otros efectos de la Universidad, cuando así lo disponga la autoridad competente.
Supervisar las investigaciones sumarias y los sumarios administrativos instruidos por el Rector de la Universidad. Llevar debido registro del proceso y los resultados.
Elaborar informe sobre actividades o acciones que incumplen la legalidad y normativas que regulan el funcionamiento de la Universidad, y poner en conocimiento a las respectivas jefaturas.
La Contraloría Universitaria informa que, el 9 de mayo de 2022, se publicó en el Diario Oficial la ley N°21.441 que modifica el inciso segundo del artículo 66 del Código del Trabajo y "Extiende la duración del permiso laboral para trabajadoras y trabajadores en caso de fallecimiento del padre o de la madre, e incorpora igual permiso en caso de fallecimiento de un hermano o hermana".
Así, a contar de dicha fecha: "En el caso de muerte de un hermano, del padre o de la madre del trabajador, dicho permiso se extenderá por cuatro días hábiles".