De acuerdo a lo establecido en los estatutos que crean la Universidad de Aysén, la casa de estudios deberá estar conformada por los siguientes órganos de gobierno:

A su vez, la Universidad de Aysén cuenta con un órgano consultivo denominado Consejo Social, compuesto por diversos representantes de la comunidad regional.

Estos órganos superiores de la Universidad son los encargados de dirigir y gestionar la institución, impulsando el desarrollo académico institucional y de sus miembros.

Asimismo, son responsables de normar y proyectar la casa de estudios, estableciendo las políticas generales; encargándose de los procesos de evaluación y de resguardo de la calidad; así como también procurar el cumplimiento de su misión y de su desarrollo coherente, transversal y de excelencia.