De acuerdo a lo establecido en los estatutos que crean la Universidad de Aysén, la casa de estudios deberá estar conformada por los siguientes órganos de gobierno:
A su vez, la Universidad de Aysén cuenta con un órgano consultivo denominado Consejo Social, compuesto por diversos representantes de la comunidad regional.
Estos órganos superiores de la Universidad son los encargados de dirigir y gestionar la institución, impulsando el desarrollo académico institucional y de sus miembros.