El Consejo Superior es la máxima autoridad colegiada resolutiva de la universidad, cuya función principal es velar por los intereses y por el cumplimiento de los fines de la Universidad, preservar su patrimonio y vincular su quehacer con las políticas nacionales y regionales, así como promover que la universidad contribuya al desarrollo del país.
Está integrado por nueve miembros, con derecho a voz a voto, que se designarán de la siguiente manera:
a) Cuatro representantes del Presidente o Presidenta de la República, quienes serán
profesionales de reconocida experiencia en actividades académicas o directivas.
b) Dos representantes de los académicos, electos de conformidad a la forma en que se elige
el Rector o Rectora.
c) Dos representantes del Senado Universitario.
d) El Rector o Rectora, quien lo presidirá

Decreto de Nombramiento Consejo Superior

Sol Serrano

Licenciatura en Historia, Pontificia Universidad Católica de Chile 1975. Master of Arts, Universidad de Yale 1982. Doctorado en Historia, Pontificia Universidad Católica de Chile, 1994.

Maria Teresa Marshall

Rectora Universidad de Aysén

Iñigo Diaz
Francisco Hervé Allamand

Geólogo. Profesor titular del Departamento de Geología, de la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas de la Universidad de Chile.

Fabián Jaña

Académico del Departamento de Ciencias de la Salud de la Universidad de Aysén. Es Doctor en Farmacología Universidad de Chile y Licenciado en Ciencias con Mención en Biología, Universidad de Chile.

Cristian Mattar

Académico departamento Ciencias Naturales de la Universidad de Aysén. Doctor en Física del Medio Ambiente. Es además Ingeniero en Recursos Naturales y Renovables, Universidad de Chile, Cuenta con una maestría en Física del Medio Ambiente por la Universidad de Valencia, España.

Baldemar Carrasco

Profesor de Castellano. Fue diputado por la región de Aysén entre los años entre 1969 y 1973 y durante el periodo 1990 – 1994. Además, fue Regidor por Coyhaique entre 1963 y 1967.